Corpus pineales funktion er ukendt. Talrige filosoffer har fremsat teorier om organets funktion. Alle teorier er ubekræftede.

Hypothalamus ligger over sella turcica, idet hypofysen (H), ligger i fossa hypophysialis, der her er skåret igennem på et mediansnit. Hypofysen er omgivet af dura, der er grøn og danner en pose. På tegningen til venstre er posen skåret i gennem på mediansnit. På tegningen til højre er hypofysen helt omgivet af posen. Gennem åbningen i posen stikker hypofysestilken, der er forbindelsen til resten af hypothalamus.

I synsnervekrydsningen (C) krydser de mediale tråde af højre og venstre n. opticus, (N). De laterale går ukrydsede igennem og danner sammen med de krydsede tractus opticus, (T). Den fortsætter bagud.

Tractus opticus, (T) der består af både krydsede og ukrydsede tråde, fortsætter bagud til den del af metathalamus, der hedder corpus geniculatum laterale. Den er her farvet rød. Det vil sige, at såvel hypothalamus med synsnervekrydsningen som metathalamus med corpus geniculatum laterale har betydning for synssansen.

Forbindelsen mellem hypofyse og resten af hypothalamus er hypofysestilken, der er farvet grøn. Den kaldes infundibulum.

Hypofysen er et overordnet hormonproducerende organ. Funktionen vises på øverste tegning, der er markeret med (H) og pile. Hypofysen er en kommandocentral, der sender besked ud til andre endokrine kirtler, hvorved deres produktion reguleres. Den besked der udgår fra hypofysen, formidles gennem de hormoner hypofysen danner.

Metathalamus omfatter to små forhøjninger. Corpus geniculatum laterale er den ene, den er tegnet blå. Hertil går tractus opticus.

Corpus geniculatum mediale, der er tegnet lilla, ligger i ringe afstand fra laterale.

Begge corpora geniculata ligger bagved og under bageste ende af thalamus, der er tegnet rød. Det er den piabeklædte del af thalamus. Medialt ligger firhøjene, (F), på mesencephalons bagside.

Corpus geniculatum laterale har betydning for synssansen. Langt de fleste nervetråde i tractus opticus omkobles. Det vil sige, de danner synapse med celler i corpus geniculatum laterale. Tråde fra de nye celler går videre til hjernebarken.